Waayestein begint langzamerhand zijn oude allure terug te krijgen. De boerderij en stalgebouw worden duurzaam gerestaureerd. Balken die verrot waren zijn vervangen door hout afkomstig van de houtzagerij van Landgoed Twickel. De panden worden verwarmd door een centrale houtpelletinstallatie, door toepassing van houtkachels en wand- en vloerverwarming blijft de middeleeuwse constructie behouden en is er toch sprake van laag energieverbruik.
Tijdens de renovatie werd onderzoek gedaan, waaruit bleek dat de muren aan de onderkant heel dik waren en dat hier ging om een afgetopte versie van de hofstad waarop de stalmuren waren gebouwd.Er was altijd vanuit gegaan, dat de stal gebouwd was met de stenen van de vervallen ridderhofstad.
Begin 17e eeuw werd de ridderhofstad Wayestein gekocht door stadhouder Frederik Hendrik, die later ook buitenplaats Zuylestein bouwde. Waayestein werd voor een gedeelte gesloopt, het voorhuis werd afgetopt en van een kap voorzien, en achter het voorhuis werd de boerderij gebouwd. de kaap